医院建于1948年，前身为浙江省立衢州医院，2005年增冠衢州中心医院院名。目前是浙西地区唯一的一所三级甲等综合性医院，是本地区及闽、赣、皖边际区域临床医疗、急诊急救、临床教学、临床科研和保健康复的中心。衢州市放射质控中心、检验质控中心、病理质控中心、麻醉质控中心、临床护理质控中心、院感质控中心、医疗设备管理中心、心脑防办、肿瘤防办、糖尿病防办等挂靠我院。
医院开放床位823张，设有24个病区，门诊医技科室40余个，统一配置中心供氧、中心吸引、空气净化、物流传输智能化系统等现代化设施。医院年门急诊70万余人次，住院病人2.5万余人次。
现有在岗员工1256余人，其中高级职称215人，省级名医1人，省“151”人才工程12人，市级学科带头人及名医32名，市拔尖人才4人，市“115”人才工程45人。医院的血管外科为浙江省医学扶植重点学科；骨科、普外科、神经外科、心内科、泌尿外科、麻醉科、放射科、肿瘤外科、妇科、肝胆外科为市重点学科；神经内科、重症医学科、内分泌科为医院重点学科。介入放射学、医学影像诊断、脊柱、骨关节疾病手术、手与显微外科、血管外科、颅脑损伤诊治、血液净化、眼底手术、肿瘤放疗、消化内镜诊疗技术、微创手术等已跨入省内先进行列。近五年来省、市级立项课题有101项，获厅、市级科研成果44项。医院先后获得全国医药卫生系统先进集体、全国卫生文明建设先进集体、省级首批文明医院等荣誉称号。